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Coronavirus

Les coronavirus sont un groupe de virus enveloppés qui causent des maladies chez les mammifères et les oiseaux. Chez l’homme, les coronavirus provoquent des infections des voies respiratoires qui sont généralement bénignes, comme le rhume, bien que des formes plus rares telles que le SRAS, le MERS et le COVID-19 puissent être mortelles. Les symptômes varient chez d’autres espèces : chez les poulets, ils provoquent une maladie des voies respiratoires supérieures, tandis que chez les vaches et les porcs, ils provoquent la diarrhée.

Ce sont des virus à ARN monocaténaire de sens positif (groupe IV de la classification Baltimore). Les chauves-souris et les oiseaux, en tant que vertébrés volants à sang chaud, sont des hôtes idéaux pour les coronavirus, avec les chauves-souris pour les Alphacoronavirus et les Betacoronavirus, et les oiseaux pour les Gammacoronavirus et les Deltacoronavirus, assurant l’évolution et la dissémination du coronavirus2.

Les coronavirus sont normalement spécifiques à un hôte, mammifères ou oiseaux selon leur espèce ; mais ces virus peuvent parfois changer d’hôte à la suite d’une mutation. De telles mutations ont été responsables des graves épidémies de SRAS de novembre 2002, de l’épidémie de MERS de 2012 et de celle du coronavirus de 2019-2020.[réf. nécessaire]

On pense que la transmission interhumaine des coronavirus se produit principalement entre des contacts étroits via des gouttelettes respiratoires générées par les éternuements et la toux. Il n’y a pas encore de vaccins ou de médicaments antiviraux pour prévenir ou traiter les infections à coronavirus humain.

Sommaire

Infection à coronavirus

Découverte

Illustration de la morphologie des coronavirus. Les péplomères(en), pointes virales en forme de massue ici coloréés en rouge, créent l’apparence d’une couronne entourant le virion, lorsqu’ils sont vus au microscope électronique.

Les coronavirus ont été découverts pour la première fois dans les années 19603. Les premiers découverts ont été le virus de la bronchite infectieuse chez les poulets, et deux virus des cavités nasales de patients humains atteints de rhume, qui ont ensuite été appelés coronavirus humain 229E et coronavirus humain OC43.

Le terme coronavirus (du latin corona et virus, littéralement « virus à couronne ») provient de l’apparence des virions au microscope électronique, caractérisée par une frange de grandes protubérances entourant l’enveloppe avec l’apparence d’une couronne, par analogie avec la couronne solaire.

Type d’infection

Sur les 7 types de coronavirus infectant l’homme , 4 donnent des infections sans gravitè et les 3 autres des infections graves.

Les infections sans gravité sont des rhumes avec fièvre et des maux de gorge dus à des végétations adénoïdes gonflées, principalement en hiver et au début du printemps4. On pense que les coronavirus sont à l’origine de 15 à 30% de tous les rhumes courants chez les adultes et les enfants5.

Les infections graves sont des infections des poumons responsable de pneumonie (pneumopathie) virale se manifestant sous forme d’épidémie

  • la première en 2003 qui déclencha une alerte mondial par l’OMS. le nom de la maladie est le syndrome respiratoire aigu sévère lié au coronavirus. Cette épidémie débuta en Chine. Le début de cette épidémie est la consommation d’un animal sauvage dans un restaurent chinois:la civette palmiste masquée, Cette maladie tua environ 10% des personnes atteintes soit 774. Cette maladie est considéré comme éradiqué (elle ne reviendra plus).
  • la deuxième en 2012. Celle ci débuta en Arabie Saoudite et fut nommée syndrome respiratoire du Moyen-Orient. Cette maladie a été déclenché par la consommation de lait de chameau et par la proximité avec les chameaux. Son taux de mortalité était de 35%. comme moins de personne en fut atteinte, elle ne tua que 449 personnes. Cette maladie existe toujours car pour la faire disparaître , il faudrait que les populations utilisant des chameaux ne les utilisent plus.
  • la dernière en 2019. c’est la maladie qu’on nomme maladie à coronavirus 2019 ou Covid-19 en abrégé.. L’origine de la maladie n’est pas sure bien que l’on pense que la consommation de viande de pangolin pourrait en être l’origine.

Transmission

Particules éjectées par un éternuement.

La transmission des coronavirus chez l’homme se produit principalement par les gouttelettes respiratoires (gouttelettes) émises par une personne infectée par la toux ou les éternuements qui, par la suite, sont inhalés par une personne en bonne santé qui se trouve à proximité. Il n’est pas clair s’il est possible d’être infecté même après avoir touché des surfaces ou des objets où le virus est présent et avoir ensuite amené les mains vers sa bouche ou vers le nez ou les yeux6.

Pour les formes graves, chaque maladie à ses particularités même si elles appartiennent au même si le virus déclenchant la maladie à la même famille de virus. par exemple la diarrhée était très fréquente dans le syndrome respiratoire aigu sévère lié au coronavirus mais peu fréquente dans la maladie à coronavirus 2019. La transmission et la contagiosité sont aussi très différentes.

Pour l’épidémie actuelle voir les articles suivant:  Épidémie actuelle et les réactions des pays avec les chiffres dans tout les pays : Épidémie de maladie à coronavirus de 2019-2020.  Épidémie en France : Épidémie de maladie à coronavirus de 2020 en France.  Pour la transmission, l’incubation , la contagiosité , les signes et autres : Maladie à coronavirus 2019.  Pour le virus responsable de la maladie : SARS-CoV-2.

Prophylaxie

Une épidémie n’est possible que si une personne infectée en contamine en moyenne plus d’une autre. La prophylaxie est ici une prévention primaire, qui vise à adopter et faire adopter dans son environnement un comportement défavorisant la transmission du virus. Les principales recommandations sont7 :

  • Se laver les mains fréquemment, avec du savon ou un gel hydroalcoolique. Se laver les mains à l’eau et au savon ou utiliser un désinfectant à base d’alcool détruit les virus qui peuvent se trouver sur les mains.
  • Évitez de se toucher le visage, les yeux, le nez et la bouche. Les mains touchent de nombreuses surfaces, et peuvent être porteuses des virus qui y sont déposés. Une fois contaminées, les mains peuvent transmettre le virus aux yeux, au nez ou à la bouche ; de là, le virus peut pénétrer dans le corps et déclencher la maladie. Il faut donc se laver les mains fréquemment.

Par rapport à des symptômes de type toux ou rhume7 :

  • Maintenir ses distance, au moins 1 mètre de toute personne qui tousse ou éternue. Lorsqu’une personne tousse ou éternue, elle pulvérise de petites gouttelettes liquides de son nez ou de sa bouche qui peuvent contenir des virus. Les personnes à proximité peuvent respirer ces gouttelettes, et être contaminées par les virus qu’elles contiennent.
  • Adopter une bonne hygiène respiratoire, pour éviter d’émettre des particules contaminées. Dans ce but, il faut se couvrir la bouche et le nez pour tousser et éternuer. Il faut se couvrir avec un mouchoir jetable, et le jeter ensuite, où à défaut avec son coude. Il faut éviter de le faire avec ses mains, pour ne pas les contaminer et disperser ensuite le virus par contact dans l’environnement ; et si nécessaire se laver les mains fréquemment.

D’autres recommandations comprennent8 :

  • Ne pas entrer en contact avec des animaux manifestement malades, ne pas consommer de viandes provenant d’animaux malades.
  • Ne pas consommer de viande insuffisamment cuite, ni de légumes crus s’ils n’ont pas été lavés avec de l’eau non contaminée.

Traitement

Le coronavirus est de nature virale, cela enlève toute efficacité aux traitements antibiotiques ou bactériophagiques qui sont, eux, destinés aux infections bactériennes.

Dans le cas du SARS-CoV divers traitements ont été utilisés pour tenter d’enrayer l’épidémie. Les plus fréquents ont été : la ribavirine, un analogue de nucléotides ; des anti-inflammatoires stéroïdiens ; et, après identification formelle du pathogène et des criblages de sensibilité, l’interféron-alpha et des inhibiteurs de protéases.

L’efficacité de ces traitements est cependant sujette à caution. Aucun n’a fait l’objet d’une étude clinique adéquate : l’analyse des études disponibles a montré qu’une grande partie d’entre elles ne permet pas de conclure car elles ont été réalisées sur de petits nombres de sujets ou bien sans protocole ou dose fixe ; de plus, certaines d’entre elles indiquent même que ces traitements pourraient avoir nui à l’éradication du virus9.

Pour ce qui est des vaccins, l’éradication rapide de l’épidémie n’a pas laissé place à beaucoup d’essais cliniques. Des vaccins à base de virus inactivé, de même que d’autres fondés sur les protéines S et N, sont à l’étude depuis plusieurs années10.

Caractérisation

Morphologie

Morphologie d’un coronavirus.

Ce sont des virus enveloppés, constitués d’une enveloppe virale entourant une capside hélicoïdale qui contient le brin d’ARN. La taille du génome de ces virus varie d’environ 26 à 32 kilobases, valeurs parmi les plus élevées des virus à ARN.

Tous ces virus ont en commun des protéines désignées par une lettre indiquant leur localisation : S (protubérances), E (enveloppe), M (membrane) et N (nucléocapside). Certains d’entre eux, notamment ceux du sous-groupe A du genre Betacoronavirus, ont une protéine HE (hémagglutinine estérase (en)) caractéristique. Le coronavirus du SRAS présente en outre sur la protéine S un site de liaison spécifique à l’enzyme de conversion de l’angiotensine 211 qui lui sert de point d’entrée dans la cellule hôte.

Réplication

Réplication du virus à couronne.

La réplication des coronavirus suit un modèle détaillé ci-dessous en six étapes successives (voir illustration) :

  1. Grâce à leur protéine S, les coronavirus se lient aux molécules cellulaires de surface telles que les métalloprotéinases. Les virus dotés en plus de la protéine HE (hémagglutinine-estérase) dans leur enveloppe peuvent aussi se lier à l’acide N-acétylneuraminique qui sert de corécepteur (lui-même initiateur de l’entrée d’un pathogène dans une cellule hôte). Jusqu’à présent, on ne sait pas clairement si les virus entrent dans la cellule hôte par la fusion des membranes virales et cellulaires, ou par une internalisation à récepteur. Quel qu’en soit le mécanisme, le brin d’ARN est inséré dans la cellule, et la capside (la coque) est abandonnée.
  2. Les coronavirus sont munis d’un seul génome ARN à brin positif, à présent sur place dans le cytoplasme. Le génome de l’ARN du coronavirus a une coiffe méthylée 5 ‘et une queue polyadénylée 3’, ce qui permet à l’ARN de se fixer aux ribosomes pour la traduction. Les ribosomes de la cellule décodent l’ARN viral, produisant les protéines qui y sont codées.
  3. D’abord l’ARN positif du virus est transcrit en protéine pour former une ARN polymérase propre (une ARN réplicase). La réplicase est la première protéine fabriquée ; une fois le gène codant la réplicase traduit par le ribosome de la cellule hôte, la traduction est arrêtée par un codon stop. Cette réplicase virale ne reconnaît et produit que l’ARN viral, et permet au génome viral d’être transcrit en nouvelles copies d’ARN, à l’aide de la machinerie de la cellule hôte. Se servant du brin positif comme modèle, cet enzyme assemble le brin négatif.
  4. Par la suite, ce brin négatif sert lui-même de modèle pour transcrire de petits ARN sous-génomiques, qui sont utilisés pour fabriquer toutes les autres protéines. C’est ce qu’on appelle une transcription imbriquée. Ce processus est une forme d’économie génétique, permettant au virus de coder le plus grand nombre de gènes dans un petit nombre de nucléotides.
    Le génome du brin négatif est traduit par le ribosome de la cellule hôte, et une longue polyprotéine est formée, où toutes les protéines virales sont attachées. Les coronavirus ont une protéine non structurale – une protéase – qui est capable de cliver la polyprotéine.
    Par ailleurs, ce brin négatif joue un rôle dans la réplication de nouveaux génomes ARN à brin positif.
    Le cytoplasme de la cellule hôte se remplit de protéines et d’ARN viraux.
  5. (a) La protéine N aide à lier l’ARN génomique pour réaliser l’encapsidation du génome virale dans une enveloppe protectrice nommée capside12 ; la protéine M s’intègre à la membrane du réticulum endoplasmique, côté capside ; et des protéines HE et S traversent la membrane du réticulum endoplasmique, via la protéine de translocation, et se positionnent du côté opposé.
    (b) Avec la liaison entre la capside et les protéines M, la membrane du réticulum s’invagine, et bourgeonne. La capside (la coque) assemblée dotée d’ARN hélicoïdal se retrouve alors à l’intérieur du réticulum endoplasmique, ayant capturé à son profit la membrane de ce dernier, qui porte à présent à son extérieur les protéines HE et S.
  6. Cette progéniture virale est ensuite (a) encapsulée et transportée par des vésicules golgiennes vers la membrane cellulaire, (b) pour être enfin externalisée (par exocytose) hors de la cellule.

Classification

 Article détaillé : Coronaviridae.

Les coronavirus, ou CoV, sont des virus à ARN monocaténaire de sens positif (groupe IV de la classification Baltimore) correspondant à la sous-famille Orthocoronavirinae de la taxonomie de l’ICTV1.

Les coronavirus forment la sous-famille des Orthocoronavirinae, dans la famille des Coronaviridae, de l’ordre des Nidovirales et du royaume des Riboviria13,14.

Maladies à coronavirus

Sept types de coronavirus peuvent infecter l’Homme15.

Coronavirus humains infectant l’Homme

Les coronavirus humains infectant l’Homme sont : 229E, NL63, OC43, et HKU1. Les deux premiers appartiennent au genre Alphacoronavirus (en)et les autres au genre Betacoronavirus (voir ci-dessous).

Ces quatre types de virus ont été retrouvés dans près de 10 % des enfants hospitalisés en pédiatrie pour infection respiratoire (Normandie-2006) sans que l’on puisse formellement les mettre en cause[pas clair]16.

Coronavirus animal infectant secondairement l’Homme

Le coronavirus infecte essentiellement les voies digestives et respiratoires supérieures chez les mammifères. On a identifié trois souches de coronavirus capables d’atteindre l’Homme et responsables de pathologies graves.

SRAS

 Article détaillé : Syndrome respiratoire aigu sévère lié au coronavirus.

Le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS, en anglais SARS pour severe acute respiratory syndrome) a une pathogenèse unique puisqu’il entraîne des infections aux voies respiratoires inférieures et supérieures en plus de la possibilité d’une gastro-entérite. On attribue un pourcentage non négligeable de rhumes banals aux coronavirus chez les humains adultes, surtout en hiver ou au début du printemps. Une personne ayant des problèmes de santé aura plus de mal à guérir qu’une personne en bonne santé.

MERS

 Article détaillé : Coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient.

Le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS, pour l’anglais Middle East respiratory syndrome) est provoqué par le coronavirus MERS-CoV (dont le nom provisoire était NCoV, pour Novel coronavirus), une souche découverte en septembre 2012 chez un homme originaire du Qatar qui avait récemment voyagé en Arabie saoudite17,18. Le premier cas connu était un Saoudien qui est mort au début de 2012.

Le 30 octobre 2013, les autorités du sultanat d’Oman ont fait état du premier cas dans ce pays du Golfe du coronavirus MERS, qui à cette date, avait déjà fait 52 morts dans l’Arabie saoudite voisine.

Le 14 avril 2016, un bilan de l’OMS recense 1 714 cas notifiés depuis 2012, dont au moins 618 mortels19. 80 % des cas sont localisés en Arabie saoudite20. Deux cas ont également été détectés en France en 2013, dont l’un finalement mortel21.

L’un des réservoirs du MERC-CoV pourrait être le dromadaire22. Selon les CDC américains et une étude publiée le 21 août 2013 dans Emerging Infectious Diseases, les chauves-souris pourraient aussi avoir joué un rôle dans l’épidémie d’Arabie saoudite23; cependant, « toutes les chauves-souris ne sont pas porteuses du virus. Les chercheurs ont pu remarquer que la chauve-souris, dont le coronavirus est similaire à celui de l’Homme, était détectée près de l’endroit où le premier cas est arrivé chez l’Homme »23.

Maladie à coronavirus 2019

 Article détaillé : maladie à coronavirus 2019.

Une nouvelle forme de syndrome respiratoire, analogue au SRAS, est apparue à Wuhan (province du Hubei, Chine) début décembre 2019. Cette pneumonie, appelée maladie à coronavirus 2019, est due au SARS-CoV-2, un nouveau coronavirus24,25. En janvier 2020, le virus a été nommé provisoirement 2019-nCoV, puis en février définitivement SARS-CoV-2.

La maladie est apparue chez des clients et les commerçants du marché aux poissons de Huanan à Wuhan (où l’on vend aussi des oiseaux, des serpents et des lapins). Elle est d’origine animale et se transmet entre êtres humains26. Le 31 janvier 2020, on constate que le bilan s’alourdit sur 9 776 cas de contamination, la Chine enregistre du début de l’épidémie au 8 février 2020 – 722 décès, épicentre de l’épidémie27. La contagion se répand dans le monde, notamment dans des pays asiatiques, européens, océaniques et en Amérique du Nord : le 29 janvier 2020 plus de 6 000 personnes se retrouvent infectées. L’épidémie devient ainsi plus importante que l’épidémie de SRAS, en 200328. Le jeudi 30 janvier au soir, l’Organisation mondiale de la Santé a décrété l’urgence de santé mondiale. Cette mesure n’avait été décrétée que cinq fois depuis sa création : pour Ebola (deux fois), la grippe H1N1, Zika et la poliomyélite.

En date du 2 mars 2020, le cap de 90 000 cas et de 3 000 décès a été franchi.

Liste des espèces

La sous-famille Orthocoronavirinae de la famille Coronaviridae est organisée en 4 genres, 22 sous-genres et une quarantaine d’espèces29: